这次新型流感病毒如何被发现的？mNGS首功！

最从新的从新型菌株开放性是如何被见到的？裕DNA四组化学合成（mNGS）首当其功！适逢SARS，怀疑过支原体、细菌、菌株等感染者，最后折腾了很贵下才见到是菌株开放性感染者。时至今日mNGS初旧版，改变了霍乱微有机体学的病症武汉地区！这次从得病到病症，只有更长更长几天时数间！前面就有用介绍一下mNGS.

最近三十年，四组学研究工作一直是热点，最早是DNA四组学，然后是蛋白质四组学，时至今日从新兴四组学领域则是被忽视更有期望的裕DNA四组学（Metagenomics）。裕DNA四组学（Metagenomics）又叫微有机体状况DNA四组学、元DNA四组学，通过并不须要要从状况样品当中提炼全部微有机体的DNA或RNA，重构裕DNA四组文库，利用DNA四组学的研究工作意图研究工作状况样品所包括的全部微有机体的遗传都是由、群落功能，并可联合开发从新的认知活开放性生物体（或给予从新DNA）。

2014年马萨诸塞柳叶刀路透社了一个通过裕DNA四组基本功能巡查验治愈了一位理由不明、反复发热、有着癫痫及脑积水症状的14岁小孩的案例，这是历史上首个裕DNA四组医学应用领域再次的案例。文章路透社这个常规病患及霍乱筛查都并未肺癌理由，随后对脑脊凝胶分析mNGS筛查，结合有机体讯息学分析结果见到一种可疑的感染开放性菌leptospira infection，随后针对开放性地运可用阿司匹林和头孢菌素赢出肟病患后出院。该团队确定这是一种尚无路透社过的霍乱微有机体。由此，医学裕DNA四组正式运用微有机体病症拉开了帷幕。详细见：NEJM：从新一代化学合成从新科技无法挽回危重病小孩

随着DNA化学合成从新科技的迅猛的发展，基于二代化学合成的裕DNA四组学（裕DNA四组化学合成）视为了医学的焦点。裕DNA四组化学合成（mNGS）是综合分析来自病征分析的微有机体和肠道的DNA生物体（DNA和RNA）的工具，运用多种霍乱疾病的病症、疾病和保健前提下微有机体学分析、人类肠道反应对感染者传播的基本特征化、识别癌细胞涉及菌株。裕DNA四组化学合成（mNGS）描述了分析当中共存的所有DNA或RNA讯息，从而须要要分析整个微有机体四组以及病征分析当中的人类肠道DNA四组或特异开放性四组，让感染开放性微有机体无所遁形。

在医学霍乱霍乱体探寻的过程当中，医学护士时常会面对从新发霍乱体一般来说想不到、疑难感染者霍乱体竟、或者由于巡查验从新科技受限想到没巡查验到的危机，现有的医学基本功能病症方法与医学的迫切须要要须要求错综复杂还共存着不小的二国。而mNGS (裕DNA四组学二代化学合成从新科技) 在“并不一定”须要要回答医学护士的上述异议，现过渡阶段已应付医学霍乱疾病诊治的大部分十分困难。

mNGS作为一种不须要人才培养的从新型从新科技，可以了解短时间内了解研究感染者霍乱体，相比基本上人才培养工具拥有更极高持续开放性的同时又与“精准照护”的理念相紧密结合。Gyarmati 等在2016年登载的一篇文献当中指出，mNGS可以并不须要要从血凝胶分析当中了解研究不能人才培养的、苛养的以及非细菌 (菌株和真菌) 霍乱体。除此之外，mNGS可以可用霍乱预防，有着并不须要要从医学分析当中获的霍乱体传播线索的潜力。2014年，Hasman等指出mNGS可可用尿凝胶分析当中霍乱体以及乙型肝炎DNA的巡查验，而且不仅乙型肝炎DNA的巡查验结果与药敏科学实验一致，也与基于；也人才培养物的全DNA四组化学合成 (WGS) 的进化分析结果相比较。越来越多的案例以及医学研究工作指出mNGS可用医学病症的可行开放性以及诸多占优，使得mNGS视为全然霍乱体病症工具的“热门当选者”。

mNGS有哪些用途呢？

前面这张图不太好地归纳和便是。二代化学合成不仅可以可用霍乱学巡查验，也可以在霍乱人才培养后花钱广度的二代化学合成，甚至全DNA四组分析。现在主要可用医学的还是医学骨骼霍乱学巡查验，通过巡查验可以知道骨骼当中含有的霍乱体。如果化学合成量须要要进一步突破，它除了可以把骨骼当中里所有微有机体的多肽标定出来外，也可以把消化系统表示的所有RNA标定出来，努力确实定植或者感染者。比如铜绿骗单胞菌标定出来后，消化系统有并未针对它产生炎症反应，还可以确实是定植还是感染者，但现今还在探求过渡阶段，尚常规未可用医学。

对于混合感染者，mNGS也有天然的占优

对于混合感染者的病症，与基本上工具相比，NGS有着更极高的持续开放性。

然而，在踏上永生坦途，为医学共享“服务项目”应付方案在此之前，mNGS仍有一段陡峭小路须要艰辛前行。首先，面对血凝胶、便秘凝胶、脑脊凝胶、四组织、拭子等频频杂杂的骨骼各种类型，如何确立统一的多肽提炼国际标准使得霍乱体的巡查验恰当度平衡十分困难重重。肠道多肽也是冲击霍乱体巡查验的一大状况，在多肽提炼节目，怎么样花钱到有效去除肠道多肽，富集霍乱体多肽，进而提极高mNGS的增益也是困扰之一。

在化学合成节目，如何依据非议的霍乱体各种类型选择适当的化学合成意图？如何优劣化学合成广度、交付时数间以及所须要工商业开销等诸多状况？这些疑虑几乎是现过渡阶段面临的不小的终究。

另外，在科学实验节目加入质控分析不可或缺。全然的质控应适可用各有不同感染者症候群以及对应的各种分析各种类型，涵盖阴开放性质控、有开放性质控以及加入霍乱菌或；也DNA的人工模拟质控分析。然而，mNGS新一轮布满的工具学适应开放性为选取何种霍乱菌作为阴开放性质控上升了难度，医学系统化当中又该如何获取经过系统化审批的大批量有开放性对照分析也是疑虑之一。

在有机体讯息方面，近年来有研究工作风险评估了各有不同的生信分析工具的好坏。现有的工具不仅算法共存关联，而且所用的数据源也各有各有不同，随之而来在霍乱体了解研究战斗能力以及相比较原子量算出方面再次出现相似之处。在mNGS生信分析流程缺乏国际国际标准的前提，运可用者基于更进一步潜能、可及开放性以及简便开放性选用生信分析该软件，会对科学实验重复开放性以及结果准确开放性遭受影响，视为mNGS的医学国际系统化盲点。

因此，该研究工作重点非议多肽提炼和有机体讯息分析两个重要节目，对比风险评估三更进一步源肠道去除试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种现有商用或非商用有机体讯息工具的好坏。

研究工作者采集9个体凝胶 (鼻腔凝胶、脓凝胶、关节凝胶、便秘凝胶) 分析和1个骨四组织骨骼同步进行化学合成，在此之前分别运可用各有不同的有机体讯息该软件比如基于Unix系统会 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页旧版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 分析该软件与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们见到各有不同分析的PA花销及人源核酸占比关联较大 (3.5%-98.9%)，其当中人源占比与分析各种类型无关，与每个分析自身的适应开放性以及去肠道试剂盒的成本有关。

本文章涉及的mNGS生信分析该软件

以人才培养或MALDI-TOF为金国际标准，研究工作者风险评估算出了每种分析该软件的霍乱体了解研究个数以及其对应的阴开放性、骗阴开放性、持续开放性等匹配。在医学系统化当中，从新从新科技须要要同时具备有着极高持续开放性和极高阴开放性国际标准差 (PPV)。运可用Kraken和Taxonomer这两个流行的该软件可以注意到其巡查验到数十到数百种微有机体，算出给予的PPV很低。虽然特设电位处理过程对应付这一疑虑益处，但电位到底特设为多少仍共存争论。另外，该软件须要综合运可用多个匹配，如相比较原子量、DNA四组形状、DNA四组布满率等基本功能霍乱菌的了解研究。

研究工作者也在有开放性质控分析当中掺入1%的人驼背杆菌，他们分析驼背杆菌的掺入可能是状况或分析数间的污染、化学合成试剂替换成或有机体讯息分析的杂乱分析等理由随之而来。背景菌的疑虑也在多个研究工作当中被提及，这些掺入的霍乱体在分析当中究竟真实共存？污染、定植还是感染开放性如何区分？从新科技研发管理人员，有机体讯息管理人员、微有机体研究者以及医学护士也面临着不停升级的终究。归纳说来，现今mNGS的医学应用领域面临如下四个终究：

面对如上的终究，我们也遇到了一系列的异议。编者本期搜集了两个关于mNGS医学研究者常会问道的疑虑，从现过渡阶段从新科技的发展的视角起程，说明如下的尝试开放性题目。

为什么有些分析人才培养阴开放性了、多肽巡查验阴开放性了、mNGS并未掺入来？这个从新科技确实不出？

任何医学巡查验都要选择医疗工商业开销，这也是从新从新科技mNGS的考量状况之一，使得现今mNGS工商业开销与增益错综复杂须要要优劣。医学分析有着相当极高的不确定开放性，而且很多霍乱体感染者后所含很低或用药后调制随之而来霍乱须要求量降低，在附赠花销的前提，靶霍乱由于讯息以致于而被丢失。

由于这些终究助长的巡查验限于，一般来说就会促成医学护士形成认识限于，所以我们想起医学护士对mNGS功能的不认可的声音。虽然增大花销是手段之一，但在医疗工商业开销的附赠下总有但会。通过富集霍乱菌，有所增加化学合成花销，进而提极高增益；巡查验长片段，进而提极高特异开放性是我们与医学现今以及未来通力合作的路径。

医学护士常反馈mNGS巡查验结果是一个霍乱体年表，没错哪个或哪几个霍乱才是元凶？

多个霍乱的掺入主要如下两个方面理由：

mNGS从新科技算法共存更长核酸杂乱分析，更是针对大部分同源开放性较极高的生境，因此其在这类同源开放性较极高的生境当中分类意义就打了折扣。如何应付一个更长核酸同时比较到多种霍乱体疑虑呢？现今我们的研发管理人员打算短时间内的联合开发基本特征DNA数据源，多个数据源的启用将要进一步提极高霍乱菌的恰当分析战斗能力。

多霍乱共感染者、 原发感染者与继发感染者的多霍乱感染者或溃疡皮肤上，肠道皮肤上开放框架本身的微有机体自然状况等理由将要随之而来多种霍乱体掺入。这其实不是从新科技本身限于，而是医学医学疑虑。人才培养工具、质谱工具、多重PCR工具也会掺入多个霍乱体，再次的病症结论须要要有医学病症的涉及讯息默许、也须要要医学感染者护士的共同参与，不能依靠巡查验应付一切疑虑。在充分缩编报告的前提，多霍乱体年表重现的占优作用在于一方面共享可能的有效线索，另一方面当有恰当清晰的医学讯息时可以基本功能医学病症。

对于mNGS来说，可以说为霍乱学病症又关上了一扇从新的窗户，我们一定要大胆的系统化，要了解它的占优和缺点，但是丢掉结果时要小心求证，掌握从新前沿。

零碎原文：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical